喀什地区第二人民医院
喀什地区第二人民医院成立于1958年，承担着喀什地区十二个县市、克州、兵团农三师、塔西南石油基地及喀什铁路系统等近500万人口的医疗服务任务，是一所集医、教、研、预防保健及管理为一体的三级甲等综合性医院，也是新疆医科大学教学医院、自治区农牧区重大疾病救治定点医院及自治区“新生儿听力筛查中心”。
新疆生产建设兵团第一师医院
新疆兵团第一师医院创建于1950年2月，坐落在天山主峰托木尔峰西南脚下、举世闻名的塔里木河上游北岸的新疆阿克苏市，是一所现代化的“三级甲等”综合医院、“国家爱婴医院”，是北京阜外心血管病医院、浙江大学医学院附属邵逸夫医院、山东青岛市立医院、湖北郧阳医学院附属太和医院、新疆医科大学第一附属医院医疗技术合作医院。2007年12月，挂牌成为新疆石河子大学医学院第四附属医院。2010年8月21日，挂牌成为中国医学科学院阜外心血管病医院心血管病技术培训中心。2014年10月由“二级甲等”医院变更为“三级”医院。20
克拉玛依市中心医院
克拉玛依市中心医院是一所集医、教、研、防为一体的综合性三级甲等医院。该院创建于1956年，占地面积8.3万平方米，建筑面积8.8万平方米，固定资产1.6亿元，现有职工1400余名人，具有高、中级专业技术人员330人。编制病床700张，实开病床900张。年门诊工作量达120万人次（含社区门诊），年住院病人1.5万人次。平均住院日小于15天。设有23个临床科室，10个医技科室、门诊、急救中心和1个社区卫生服务中心。承担着油城及周边地区近30余万人群的防病治疗任务。
新疆医科大学第一附属医院昌吉分院
新疆医科大学第一附属医院昌吉分院前身为昌吉市第二人民医院，是一所非营利性综合性二级甲等医院。2014年12月，新疆医科大学第一附属医院与昌吉市人民政府正式签署《托管合作框架协议》，按照理事会下的执行院长负责制，对昌吉市第二人民医院整体托管，进行为期30年的经营管理，共建新疆医科大学一附院昌吉分院。医院由科级升格为副县(处)级。
乌鲁木齐市第一人民医院分院
乌鲁木齐市第一人民医院分院（原乌鲁木齐县人民医院）位于河南东路806号，占地面积27300平方米，业务用房面积12000平方米。现拥有固定资产3500万元，医疗专用设备1875万，全院职工353人，专业技术人员316人，是一所集医疗、科研、教学为一体的综合型二级甲等医院和全国爱婴医院。主要承担乌鲁木齐农、牧民医疗保健工作及乌鲁木齐县乡镇卫生院专业技术人员的培训和业务指导工作。
昌吉市人民医院
昌吉市人民医院建于1952年，是一所集医疗、教学、科研、预防保健为一体的非营利性国家二级甲等医院，是市属最主要的综合医院。现为城镇医保、商保、新农合、工伤、计划生育等保险的定点医疗机构，是自治区心血管疾病介入诊疗医疗机构。是昌吉州卫校、石河子卫校实习基地和教学单位。承担着昌吉市近50万城乡及周边团场各族干部群众急诊、门诊、住院医疗以及8个乡镇卫生院的技术指导、业务培训以及各类公益性服务工作。
乌鲁木齐国际医院
乌鲁木齐国际医院是市政府为建设“五大中心”对外开放平台，强化医疗服务中心合作功能，深化跨境远程医疗服务平台，跨境医疗旅游推介平台应用，打造具有国际服务水平的三级综合医院。国际医院位于乌鲁木齐市经济开发区莲湖路50号，距离乌鲁木齐高铁站约2公里，占地面积125亩，建筑总面积57000平方米。医院总床位数655张，学科建设齐全。医院于2019年8月16日正式开业。
哈巴河县人民医院
哈巴河县人民医院创建于1947年，是集医疗、教学、预防为一体的综合型县级二甲医院，总面积为17700平方米，建筑面积为11760.45平方米，承担着全县8万余名各族群众的医疗保健任务。现有门诊楼1栋、住院楼2栋、综合楼1栋。开放床位达200张，拥有内科、外科、妇产科、急诊科、门诊、医技科、药剂科、中医科等14个科室，现有职工248人。其中，卫技人员236人，占全院职工总数的95%。**职称14人，中级职称63人，初级职称57人。目前，拥有美国GE单排螺旋CT机、普爱PLX112A型高频移动式手术X射线机、
塔城市人民医院
塔城市人民医院始建于1952年，是一所集医疗、教研、预防保健和社区卫生服务为一体的综合性二级甲等医院，是城乡居民医保和多家商业保险定点医疗机构，担负着塔城市各族群众的医疗保健任务。全院建筑面积34618.37㎡，设有临床、医技、职能科室共41个，年收治出院病人1万余人次，年门、急诊量达13万余人次。全院在职职工554人，核定床位360张，实际开放床位450张。拥有西门子Z3数字减影血管造影机、核磁共振（1.5T）、双排螺旋CT（64排128层）等高精医疗设备，为增强医院诊断能力，提高医院整体竞争水平，提供
新疆维吾尔自治区儿童医院
北京儿童医院新疆医院前身为新疆交通医院，始建于1984年。2016年，自治区党委、政府整合区内优质儿科医疗资源，将我院规划建设为儿童专科医院，成立并挂牌“新疆维吾尔自治区儿童医院”。2019年，为贯彻落实党中央、国务院关于建设国家区域医疗中心的决策部署，自治区人民政府与首都医科大学附属北京儿童医院经友好协商签订合作协议，合作共建国家儿童区域医疗中心，北京儿童医院全面托管我院并挂牌“北京儿童医院新疆医院”、“国家儿童区域医疗中心”。在上级党委、政府的全面支持下，医院已发展成为一所集医疗、教学、科研、预防保健
克孜勒苏柯尔克孜自治州人民医院
克孜勒苏柯尔克孜自治州人民医院成立于1954年7月，是自治州唯一一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的三级甲等医院。资产总额2.8亿元，业务用房总建筑面积62752平方米，编制床位898张。现有在岗职工1045人，其中高级职称95人、中级职称168人。
新疆塔城地区托里县人民医院
托里县人民医院座落在县城中心，成立于1953年，最初是一个医疗诊所现已有50余年历史，医院设床位200张，现有建筑面积15000平方米，在职职工152人，专业技术人员128人。其中副高职称5人，中级职称37人，初级职称83人。是自治区级卫生红旗单位、自治区级精神文明单位和爱婴病房达标单位，集内、外、妇、儿科、中医科等专业为一体的综合性医院。